Boltz-2 neu angepasst: Protein-Protein-Bindungsvorhersage im Fokus

Die jüngste Veröffentlichung auf arXiv zeigt, dass das hochmoderne Modell Boltz-2, ursprünglich für die Vorhersage von Protein‑Ligand‑Bindungsaffinitäten entwickelt, nun für Protein‑Protein‑Interaktionen adaptiert wurde. Durch Feinabstimmung auf die Datensätze TCR3d und PPB‑affinity konnte Boltz‑2‑PPI als Regressor für Bindungsaffinitäten eingesetzt werden.

Trotz exzellenter struktureller Genauigkeit blieb die Leistung von Boltz‑2‑PPI hinter sequenzbasierten Alternativen zurück, sowohl bei kleinen als auch bei größeren Datensätzen. Die Analyse zeigt, dass die strukturbasierten Features zwar präzise sind, aber nicht die gleiche Vorhersagekraft besitzen wie reine Sequenzmodelle.

Interessanterweise ergänzen sich die von Boltz‑2‑PPI gewonnenen Embeddings mit sequenzbasierten Embeddings und führen zu signifikanten Verbesserungen, besonders bei schwächeren Sequenzmodellen. Die Ergebnisse unterstreichen bekannte Verzerrungen bei der Nutzung struktureller Daten und deuten darauf hin, dass aktuelle strukturbasierte Repräsentationen noch nicht optimal für Affinitätsvorhersagen konfiguriert sind.