DynaMate: Automatisierte Protein‑Ligand‑Simulationen mit KI
Die neue Plattform DynaMate ermöglicht es, komplette molekulare Dynamik‑Simulationen von Proteinen und Protein‑Ligand‑Komplexen ohne manuellen Aufwand durchzuführen. Durch die Kombination von großen Sprachmodellen, dynamischem Tool‑Einsatz und selbstkorrigierendem Verhalten kann DynaMate die gesamte Pipeline von der Parameterisierung bis zur Analyse eigenständig steuern.
Im Kern besteht DynaMate aus drei spezialisierten Modulen: einem Planungsmodul, das das Experiment entwirft, einem Simulationsmodul, das die MD‑Berechnungen ausführt, und einem Analysemodul, das die Ergebnisse auswertet und die Bindungsenergie mit dem MM/PB(GB)SA‑Ansatz berechnet. Diese modulare Struktur erlaubt eine flexible Anpassung an unterschiedliche Systemgrößen und Komplexitäten.
Bei der Evaluierung an zwölf Benchmark‑Systemen zeigte DynaMate eine hohe Erfolgsquote, korrigierte Laufzeitfehler durch iteratives Denken und lieferte aussagekräftige Analysen der Protein‑Ligand‑Interaktionen. Damit ebnet die Plattform den Weg zu standardisierten, skalierbaren und zeiteffizienten Workflows in der biomedizinischen Forschung und der Wirkstoffentwicklung.